Исаакиевский собор в годы войны получил значительные повреждения от бомбардировок и артобстрелов, несмотря на маскировку купола, и на то, что рядом, у Адмиралтейства, стояла зенитная батарея, отражавшая атаки немецкой авиации. Осколки бомб и снарядов навсегда оставили выбоины на мраморной облицовке стен собора. Пострадали 10 из 16 колонн северного портика, был повреждён парапет юго-западного угла здания. В январе 1943 года при разрыве бомбы вблизи собора взрывной волной выбило часть стёкол уникального витража «Воскресший Христос». На западном портике Исаакиевского собора, где снаряд покалечил одну из колонн, помещена памятная доска с надписью: «Это следы одного из 148 478 снарядов, выпущенных фашистами по Ленинграду в 1941– 1944 гг.».
Ещё две памятные доски расположены внутри собора. На одной из них слова писателя Даниила Гранина: «Сюда, под своды Исаакия, в годы блокады сотрудники музеев укрыли те экспонаты, что не успели эвакуировать. Здесь они жили, страдали, умирали от голода, но сумели спасти сокровища нашей культуры. Подвиг их малоизвестен, они выполняли свой долг, не помышляя о нашей благодарности». Рядом увековечены более сотни имён этих людей — сотрудников Объединённого хозяйства музеев, сберегавших здесь ценнейшие экспонаты городских и пригородных музеев. В течение всей войны в помещениях Исаакиевского собора, включая подвал, стояли сотни ящиков с надписями: «Музей города», «Пушкин», «Павловск», «Гатчина»… В них хранились картины, бронза, фарфор, стекло, ткани, вышивка, медали, монеты, акварели, гравюры, фотографии, книги, чертежи… Около 120 тысяч единиц хранения. И все эти несметные богатства удалось сберечь благодаря тому, что не меньшей, а то и большей ценностью были люди, призванные выполнять свой долг в ужасных обстоятельствах блокады.
Через 60 лет после полного освобождения города от вражеской блокады 27 января 2004 года в подвале Исаакиевского собора открылась выставка «Чтобы помнили…», рассказывающая о том, как работали музейщики осажденного города. Тема войны и блокады всегда освещалась в музейных экспозициях, экскурсоводы Исаакиевского собора и сейчас подводят группы к стенду с фотографиями, запечатлевшими храм в годы войны и процесс его послевоенной реставрации. Но ценнейшие экспонаты выставки, развёрнутой непосредственно на месте событий, позволяют особенно остро прочувствовать жизнь музейных работников в военную пору.