Экспозиция разделена на две части (рубку и кают-компанию), которые последовательно рассказывают об истории того, как придумывали, строили, развивали и модернизировали российский и советский подводный флот.
Зал Великой Отечественной войны повествует обо всех флотах СССР и о Балтийском флоте в частности, а также о том, как командир Александр Маринеско руководил в 1945 году уничтожением фашистского лайнера «Вильгельм Густлофф».
В музее представлены личные вещи, документы и фотографии подводников, макеты подлодок, подлинное оборудование, использовавшееся ранее на подводных лодках, и многое другое. В настоящее время музей, напоминающий подводную лодку, является единственным местом в России, где можно ознакомиться с историей подводных сил.
Место музею выбрано не случайно на Кондратьевском проспекте, дом 83, корп.1 вблизи от Богословского кладбища. Волею судеб на нём нашли свой вечный покой Герои Советского Союза А.И.Маринеско, Н.А.Лунин и ещё многие прославленные моряки-подводники.